一转眼，六个星期过去了。感谢Root，所有人都有了一个假身份和一份固定的（正式的或非正式的）工作。Reese成为卧底缉毒警察，Shaw当起了百货公司化妆品售货员，Fusco仍然可以安心地在纽约警署工作（并非Samaritan忽视他，而是它的触手暂时无法抵达纽约警署）。Finch则成为了清闲的大学客座教授。通过解救号码—个电脑工程师，他们找到了一种避开Samaritan监视的通讯方法，这是他们准备反击的第一步。

剧情图片新号码是一位数学系的高材生，她正在参加一场城市游戏。但是连主办方是谁都不知道的游戏注定凶险万分，参赛者一个个都像亡命之徒。芬奇开始介入调查，背后的真相浮出水面，幕后操控者竟然是Samaritan，它的目的是为了招募有才华的执行人。无法接受Samaritan为所欲为的芬奇决定反击，他接受了TM的建议，利用并修复了废弃的地下铁路系统。

Finch让Fusco紧盯最新的可疑对象——一个职业「社交助手」（Professional Wingman，当你初次约会或在社交场合与人搭讪的时候，这种人会以朋友的名义在一旁帮你说话，为你塑造出一个高超的形象）。Fusco很快发现，如何与女人打交道并非他最需要担心的事情……与此同时，机器派遣Finch和Root执行一项神秘的任务。Reese必须想办法在自己新的「日常工作」中「按规矩办事」。Fusco的卧底任务是本集的重点……他要扮演一个「讨女人喜欢的男人」！因此其他人将帮助他化妆，来个「彻底再造」。与此同时，Root和Finch不断收集能够帮助他们建设新「地下总部」的东西。

Reese负责保护的一对兄妹成为一宗黑帮案件的调查对象，他在纽约警署的「侦探」工作变得复杂起来，他的卧底身份也受到影响。

机器提供了一名才华横溢的政治民调专家的号码，而此人通常都很准确的预测偏偏在这个时候出错了，Finch不禁怀疑这两件事之间可能存在某种关联。与此同时，Reese没有执行Moreno警长的直接命令。剧中的闪回情节揭示了人工智能的本性以及Finch驯化机器的过程。

一名为人低调的办公室职员稀里糊涂地卷入了一起危险的阴谋，因为……他喜欢在夜里假扮「侦探」！当Reese、Shaw和Fusco全力保护他时，Finch则前往香港参加学术活动。他不能冒险暴露自己的真实身份，所以他必须把假身份「坚持到底」！

为了严密监视最新的可疑对象，Shaw加入一个国际盗窃团伙，但是一系列出人意料的变化导致她面临被Samaritan发现的危险。与此同时，Finch和Root共同执行一项危险的破坏任务。Finch准备找Root谈论Samaritan「用不民主的方式选择州长」的问题，结果却发现Root有了一份新工作……保姆？！Root自我解嘲地说：「如果那些家长知道我杀过多少人，他们会怎么想？」

Reese从凶案组临时借调到警校担任战术教官，同时监视一名与众不同的女学员。Shaw和Fusco发现她的身份并不单纯，她卷入了警察和黑帮的无间道以及Elias和Brotherhood的帮派斗争中。同时，Samaritan发现了上一集中国际大盗留下的蛛丝马迹，并追查到了Shaw的头上。

Shaw的行踪暴露，与Samaritan特工Martina展开激战。Root及时现身救走了Shaw，Fusco也帮助两人引开了Martina的注意力。而最新的号码则来自小队的“老朋友”Elias，这标志着Brotherhood向Elias的黑帮全面开战。Reese和Finch竭尽全力保护Elias和他的伙伴们，但最终还是付出了惨痛的代价。一直隐忍的Elias决定向Brotherhood复仇。

Samaritan开始在纽约展示它的力量，先是抢走了“无关号码”的生意，又在两天内展现了太平无事和天下大乱两种城市的形态。为了平息事端，TM通过代理人Root和Samaritan的代理人进行了谈判，但以无果而终收场。

Samaritan的野心已不仅局限在纽约，它攻击了证券市场，试图通过制造新的金融危机来影响美国乃至世界。小队决定全员出动。Shaw去地铁站寻找一名拥有证交所关键密码的员工，其它三人和Fusco则潜入证交所地下中心机房植入稳定市场的程序。但他们很快被Samaritan的特工包围。为了救出小队成员，TM进行了多次实时模拟来选择逃生方案，并将每一个成员的性格描绘得栩栩如生。在TM的指导下，小队成员完成了稳定市场的任务，但在逃生电梯口前被Samaritan的特工压制，生存几率跌落谷底。此时Shaw的出现成为TM和Samaritan都未能料到的意外因素。为了帮受伤的众人争取逃生时机，Shaw做出了惊人的举动，并使自己陷入生死未卜的境地（Shaw的演员SarahSashi由于怀孕而选择暂时退出剧组，归期

本集政府特工的领导Control大妈回归，借助Samaritan指挥ISA特工进行了一场追杀恐怖分子的行动。但在这过程中，她发现政府方面对于Decima公司和Samaritan似乎正在失去控制。TM小队方面，Reese和Root正在不顾一切地寻找失踪的Shaw，他们甚至为此绑架了一位重要人物。本集的结尾，根据一条渺茫的线索，伤痕累累的两人继续踏上寻Shaw之路。

Reese和Root跟着线索来到纽约郊区的一座小镇，他们很快发现小镇看似平静的表面下隐藏着重要的阴谋。与此同时，Fusco和第8集中的女警Slivia共同调查新的“无关号码”，一名和人口失踪有关的中年大叔。本集的结尾，救人心切的Root在行事方针上第一次和TheMachine产生了分歧。

机器安排Finch以陪审团员的身份参与一宗谋杀案的庭审，Finch怀疑另一名陪审团员试图操纵整个诉讼过程。与此同时，Reese渐渐向部门内部的心理专家打开了话匣子。

一名软件程序员因某种神秘原因重获新生，Reese必须暗中保护她，但他并不清楚她所面临的威胁来自她生活中的哪个部分。与此同时，Finch试图保护年轻黑客Claire免遭Samaritan毒手，谁料到Claire竟主动向Finch求援。

Reese和Finch必须保护聪明绝顶的街头骗子Harper——这个女孩计划从一家医用大麻药店盗取现金，但她遇到了大麻烦。

一名心理学家试图用非正统的方式来帮助病人获得解脱，但这会让他付出高昂的代价，Reese与Finch决定对他进行保护。与此同时，回忆情节揭示了Finch最好的朋友当年被炸死之后Finch脆弱的精神状态。

Flint和Bridges合作的非常愉快，同时Harold约好Bridges在咖啡店见面叙旧。Irish和Riley相互寒暄彼此的近况并表示两个人一定要聊聊治疗会的事情，并且Riley意识到Irish一定有事情瞒着他。

Saul被指泄露公司机密而在电视上被曝光，saul一夜之间声名狼藉。Saul为了给自己讨回声誉发起了绝地反击，而这一切计划都被监控着

Reese一行在执行监视任务期间，John坦言自己在凶杀组经常和自己打交道的都是死人，John总结他们这些被监视人的特点就是谁都不知道有事儿找上门了

第四季将把焦点对准人工智能，该剧的两位主创乔纳森·诺兰与克雷格·普拉格曼对此感到兴奋不已。要知道在第三季的最后一集，《疑犯追踪》最初的故事前提基本已经不再成立，而第四季九月份回归后，观众将看到剧中主角们——芬奇、里瑟、肖和根进入了一个全新的世界。然而这个世界或许没有我们想象中的那么截然不同。Zap2it网站日前采访了诺兰和普拉格曼，与他们探讨第三季结局，展望第四季，畅谈他们的人工智能构思和现实社会的关系，以及合作无间的“根肖”搭档能否擦出不一样的火花。

第四季将把焦点对准人工智能，该剧的两位主创乔纳森·诺兰与克雷格·普拉格曼对此感到兴奋不已。要知道在第三季的最后一集，《疑犯追踪》最初的故事前提基本已经不再成立，而第四季九月份回归后，观众将看到剧中主角们——芬奇、里瑟、肖和根进入了一个全新的世界。然而这个世界或许没有我们想象中的那么截然不同。Zap2it网站日前采访了诺兰和普拉格曼，与他们探讨第三季结局，展望第四季，畅谈他们的人工智能构思和现实社会的关系，以及合作无间的“根肖”搭档能否擦出不一样的火花。